git встроен в дистрибутив атома, его не нужно устанавливать отдельно, это баг.
попробуй просто установить отдельно autocomplete-lua после установки moonloader, этот баг уже обсуждался и вроде уже исправлен, но исправление так и не опубликовано.
другая проблема - кириллица в пути к директории атома, например, имя пользователя на русском. о ней уже тоже сообщали не раз, но её так и не исправили. решение - перенести всё на профиль без кириллицы, либо установить атом в другую директорию (сделать portable-версию, это встроенная возможность).