Хз, скорее нет, чем да. Обычно все сleo имеют при себе .ini файл настроек. Вряд ли существуют cleo, сохраняющие настройки в реестре.
Upd.: Да, к примеру, SAMPFUNCS оставляет в реестре свой ключик, вот HKEY_USERS\S-1-5-21-1653050012-1290060675-2141565578-1002\Software\SAMPFUNCS. Могут придраться...