Сампфункс есть? У меня такое было, когда в папке Клео находился скрипт, использующий Сампфункс, но самого Сампфункса не было.
Мне кажется, что так будет с любыми Клео-скриптами, которые используют опкоды, регистрируемые плагинами, когда самих плагинов нет. Проверь заодно, есть ли у тебя такие стандартные плагины, как "FileSystemOperations.cleo", "IniFiles.cleo", "IntOperations.cleo".