Нашёл решение. У меня несколько сборок и я запускал samp.exe с первой сборки, а заходил на вторую, в результате настройки установленные во второй сборке не сохранялись, так как доминировали настройки первой. В итоге зашёл на первую сборку, сделал настройку, сохранилось при перезаходе, зашёл со второй сборки и они там так же оказались.