Лучше наоборот писать большие проекты на несколько файлов, чтобы было удобно с ними управляться. Чем модульнее конечный продукт, тем лучше. Хорошие системы - те системы, которые можно использовать повторно. Но если всё же нужно для каких-то целей встроить библиотеку в скрипт, чего лучше, конечно, не делать, нужно постепенно переносить все функции и переменные из библиотеки в свой скрипт, соединяя всё так, чтобы ничего не сломалось.