Я не уверен что это облака, возможно это просто fog(дым/пыль т.д) в самом же particle.txd есть вроде как 2-3 вида облаков, удали их все или замени на прозрачные текстуры. Можно в принципе и другим способом который скорее всего поможет это timecyc настроить что бы вообще не было облаков.