луа и луаджит код обратно совместимы, т.е. если применяемый обфускатор это не обфусцирующий компилятор, то никаких проблем быть не должно. я не знаю какой из них рабочий, проверять не приходилось.
что касается обхода внутренних проверок скрипта, путём патчинга функции выгрузки - нет, этого будет недостаточно. пропатчить функцию выгрузки, конечно, можно, но пропатчить внутренние проверки скрипта будет далеко не просто, ведь для байткода lj нет ни нормальных декомпиляторов, ни дизасемблеров, которые можно было бы взять и применить для взлома.